La cuenta Efraín como un libro de recuerdos. Tras seis años de estudios en Bogotá, vuelve a fines de agosto a la casa de su familia en la sierra, frente al valle del Cauca. Allí lo espera María, hija de Salomón, un primo de su padre que vivía en Jamaica: se llamaba Ester, llegó a los tres años, cuando Salomón quedó viudo, y se crió con Efraín. Ahora es una muchacha, y cada mañana le pone flores en el cuarto.
El amor nace entre flores, miradas y lecciones: Efraín les enseña geografía a María y a su hermana Emma, y les lee Atala, de Chateaubriand, que las hace llorar. Pero María sufre un ataque, y el padre dice que es el mismo mal que mató joven a su madre. El doctor Mayn teme una epilepsia; el padre le pide a Efraín que modere su trato con ella y le recuerda que debe ir a Europa a estudiar medicina. Entretanto, Carlos, amigo de colegio de Efraín, pide por medio de su padre la mano de María.
Alrededor del idilio está la vida de la hacienda y de la montaña: la familia del antioqueño José, la cacería de un tigre, la boda de Tránsito y Braulio. Una de las historias más bellas es la de Feliciana, el aya de María, que se llamaba Nay y fue traída de África como esclava. Mientras tanto, una pérdida de dinero enferma al padre de Efraín, y el día del viaje se acerca.
Final (contiene spoilers)
Antes de partir, María promete ser la esposa de Efraín cuando él vuelva de Europa. Él se va el 30 de enero; desde Londres recibe sus cartas, con pedacitos de las azucenas que ella sembró bajo su ventana, cada vez más tristes. A fines de junio le llega la noticia: la enfermedad volvió y solo su regreso puede salvarla. Sale de Londres dos horas después, cruza el mar, sube el río Dagua en canoa y llega de noche a Cali, adonde se ha mudado la familia; en la sala oscura lo abraza Emma, vestida de negro, y su madre le dice que María está «en el cielo». Murió sin volver a verlo y le dejó sus trenzas, el guardapelo con los cabellos de él y de su madre, la sortija que él le había dado y las cartas de él. Efraín visita por última vez la casa vacía, se despide de José y los suyos y va a la tumba de María en el cementerio del pueblo; al marcharse, un ave negra, la misma que había aparecido antes de cada desgracia, se posa en la cruz de hierro.